南京丰顿科技股份有限公司自成立以来已被陆续授予国家高新技术企业、江苏省科级型中小企业、中华人民共和国国史学会农垦史研究分会常务理事；中国奶业协会理事；江苏省大数据产业技术创新战略联盟副理事长单位等荣誉称号。

南京丰顿科技股份有限公司2016年度被江苏国税评定为纳税信用等级A 级。